Sülfit oksidasyonuna bağlı mikrobiyal demir oksit solunumu
Canfield, DE & Farquhar, J. in Jeobiyolojinin Temelleri 49–64 (John Wiley & Sons, 2012).
Fike, DA, Bradley, AS & Rose, CV Antik kükürt döngüsünü yeniden düşünmek. Annu. Rev. Dünya Gezegeni. Bilim. 43593–622 (2015).
Wasmund, K., Mußmann, M. & Loy, A. Sülfürik yaşam: deniz çökeltilerinde kükürt döngüsünün mikrobiyal ekolojisi. Çevre. Mikrobiyol. Temsilci 9323–344 (2017).
Falkowski, PG, Fenchel, T. & Delong, EF Dünyanın biyojeokimyasal döngülerini yönlendiren mikrobiyal motorlar. Bilim 3201034–1039 (2008).
Mateos, K. ve ark. Kükürt döngüsü enzimlerinin evrimi ve yayılması, erken Dünya'nın redoks durumunu yansıtır. Bilim. Av. 9eade4847 (2023).
Canfield, DE & Raiswell, R. Kükürt döngüsünün evrimi. Am. J. Sci. 299697–723 (1999).
Poulton, SW Çözünmüş sülfürün ferrihidrit ile reaksiyonu sırasında sülfür oksidasyonu ve demir çözünme kinetiği. Kimya Geol. 20279–94 (2003).
Canfield, DE Deniz çökeltilerinde reaktif demir. Geochim. Kozmokim. dakika 53619–632 (1989).
Anantharaman, K. ve ark. Ayrıştırıcı kükürt döngüsünü şekillendiren mikrobiyal grupların çeşitliliğinin artması. ISME J. 121715–1728 (2018).
Müller, AL, Kjeldsen, KU, Rattei, T., Pester, M. & Loy, A. DsrAB tipi disimilatuvar (bi)sülfit redüktazların filogenetik ve çevresel çeşitliliği. ISME J. 91152–1165 (2015).
Diao, M. ve ark. Disimilatör sülfat / sülfit indirgeme potansiyeli olan mikroorganizmaların küresel çeşitliliği ve çıkarımlı ekofizyolojisi. FEMS Mikrobiyol. Rev. 47fuad058 (2023).
Jørgensen, BB, Findlay, AJ & Pellerin, A. Deniz çökeltilerinin biyojeokimyasal kükürt döngüsü. Ön. Mikrobiyol. 10849 (2019).
Canfield, DE ve diğerleri. Şili kıyılarındaki oksijen minimum bölgesi sularında şifreli bir kükürt döngüsü. Bilim 3301375–1378 (2010).
Pester, M., Knorr, K.-H., Friedrich, MW, Wagner, M. & Loy, A. Sulak alanlardaki sülfat azaltan mikroorganizmalar - karbon döngüsünde ve iklim değişikliğinde ünlü aktörler. Ön. Mikrobiyol. 372 (2012).
Henkel, JV ve diğerleri. Karadeniz'den gelen bir bakteri izolatı, sülfiti manganez(IV) oksitle oksitler. Proc. Natl Acad. Bilim. Amerika 11612153–12155 (2019).
Hayes, JM & Waldbauer, JR Zaman içindeki karbon döngüsü ve ilgili redoks süreçleri. Philos. Trans. R. Soc. B 361931–950 (2006).
Jørgensen, BB ve Nelson, DC Kükürt Biyojeokimyası - Geçmiş ve Bugün 63–81 (Amerika Jeoloji Topluluğu, 2004).
Hansel, CM ve ark. Düşük sülfatlı tatlı su çökeltilerinde kükürt yakıtlı demir oksit azalmasının baskınlığı. ISME J. 92400–2412 (2015).
Flynn, TM, O'Loughlin, EJ, Mishra, B., DiChristina, TJ & Kemner, KM Bakteriyel demir indirgemesi sırasında kükürt aracılı elektron mekiği. Bilim 3441039–1042 (2014).
Findlay, AJ, Pellerin, A., Laufer, K. & Jørgensen, BB Deniz tortusunda sülfit oksidasyon oranlarının ölçülmesi. Geochim. Kozmokim. dakika 280441–452 (2020).
Michaud, AB ve diğerleri. Arktik fiyort çökeltilerindeki (Svalbard) demir ve kükürt döngüleri üzerindeki buzul etkisi. Geochim. Kozmokim. dakika 280423–440 (2020).
Elsgaard, L. & Jørgensen, BB Deniz ve tatlı su çökeltilerinde radyo etiketli hidrojen sülfürün Anoxie dönüşümleri. Geochim. Kozmokim. dakika 562425–2435 (1992).
Parklar, DH ve ark. GTDB: Filogenetik olarak tutarlı, sıralaması normalleştirilmiş ve tam genom bazlı taksonomi yoluyla bakteri ve arkal çeşitliliğinin devam eden bir sayımı. Nükleik Asitler Res. 50D785–D794 (2022).
Raiswell, R. & Canfield, DE Geçmişten günümüze demir biyojeokimyasal döngüsü. Jeokimya. Perspektif. 11–220 (2012).
Osorio, H. ve diğerleri. Anaerobik kükürt metabolizması, ekstremofil Asidithiobacillus ferrooxidans'ta disimilatuvar demir azaltımına eşlik etti. Başvuru Çevre. Mikrobiyol. 792172–2181 (2013).
Malik, L. & Hedrich, S. Aşırı asidofillerde ferrik demirin azaltılması. Ön. Mikrobiyol. 12818414 (2021).
Thorup, C., Schramm, A., Findlay, AJ, Finster, KW & Schreiber, L. Sülfat indirgeyici kılığına girmiş: Deltaproteobacterium'un büyümesi Desülfürivibrio alkalifilus Nitrat ile sülfürün oksidasyonu yoluyla. mBio 8e00671-17 (2017).
Wang, F. ve diğerleri. Mikrobiyal nanotellerin yapısı, elektronları mikrometreler boyunca taşıyan yığılmış hemleri ortaya çıkarır. Hücre 177361–369.e10 (2019).
Shi, L., Fredrickson, JK & Zachara, JM Bakteriyel porin-sitokrom gen kümelerinin genomik analizleri. Ön. Mikrobiyol. 5657 (2014).
Portela, PC ve ark. Periplazmik sitokromlar PpcABCDE yoluyla mikrobiyal sitokrom OmcS nanotellerini şarj etmek için yaygın hücre dışı elektron transfer yolları Nat. Yaygın. 152434 (2024).
Nübel, T., Klughammer, C., Huber, R., Hauska, G. & Schütz, M. Sülfür: hipertermofilik bakterinin zarlarında kinon oksidoredüktaz Akifex aeolicus (VF5). Arch. Mikrobiyol. 173233–244 (2000).
Schütz, M., Maldener, I., Griesbeck, C. & Hauska, G. Sülfür-kinon redüktaz'dan Rhodobacter kapsülatusu: büyüme gereksinimi, periplazmik lokalizasyon ve gen dizisi analizinin genişletilmesi. J. Bakteriol. 1816516–6523 (1999).
Finneran, KT, Johnsen, CV & Lovley, DR Rhodoferax ferrireducens sp. Kasım, Fe'nin indirgenmesiyle asetatı oksitleyen psikrotolerant, fakültatif anaerobik bir bakteri (iii). Uluslararası J. Syst. Evrim. Mikrobiyol. 53669–673 (2003).
Baker, IR, Conley, BE, Gralnick, JA & Girguis, PR Bakteriler arasında Mtr aracılı hücre dışı elektron transferinin yatay ve dikey aktarımına ilişkin kanıt. mBio 13e02904–e02921 (2021).
Nixon, SL, Bonsall, E. & Cockell, CS Aşırı koşullar altında mikrobiyal demir azaltımının sınırlamaları. FEMS Mikrobiyol. Rev. 46fuac033 (2022).
Jakobsen, R. & Postma, D. Redoks bölgeleme, sığ kumlu bir akiferde sülfat indirgeme oranları ve Fe indirgeme ve metanojenez ile etkileşimler, Rømø, Danimarka. Geochim. Kozmokim. dakika 63137–151 (1999).
Sorokin, DY, Tourova, TP, Mussmann, M. & Muyzer, G. Dethiobacter alkaliphilus gen. kasım. sp. kasım ve Desülfürivibrio alkalifilus gen. kasım. sp. Kasım: Soda göllerinden indirgeyici kükürt döngüsünün iki yeni temsilcisi. Ekstremofiller 12431–439 (2008).
Schippers, A. & Jørgensen, BB Deniz çökeltilerinde pirit ve demir sülfürün manganez dioksit ile oksidasyonu. Geochim. Kozmokim. dakika 65915–922 (2001).
Finster, K. İnorganik kükürt bileşiklerinin mikrobiyolojik orantısızlığı. J. Sülfür Kimyası. 29281–292 (2008).
Sun, J., Wei, L., Yin, R., Jiang, F. & Shang, C. Mikrobiyal demir indirgemesi, kirli kentsel suların çökeltilerindeki biyojenik hidrojen sülfürün FeOOH granülleri tarafından yerinde kontrolünü artırır. Su Res. 171115453 (2020).
Kjeldsen, KU ve ark. Kablo bakterilerinin evrimi ve fizyolojisi üzerine. Proc. Natl Acad. Bilim. Amerika 11619116–19125 (2019).
Santos, TC, Silva, MA, Morgado, L., Dantas, JM & Salgueiro, CA Redoks özelliklerine dalma Geobakter kükürt azaltıcılar sitokromlar: hücre dışı elektron transferi için bir model. Dalton Trans. 449335–9344 (2015).
Kappler, A. ve ark. Demirin biyojeokimyasal döngüsüne ilişkin gelişen bir görüş. Nat. Rev. Mikrobiyol. 19360–374 (2021).
Lovley, DR & Holmes, DE Elektromikrobiyoloji: filogenetik olarak çeşitli elektroaktif mikroorganizmaların ekofizyolojisi. Nat. Rev. Mikrobiyol. 205–19 (2022).
Filman, DJ ve ark. Cryo-EM, sitokrom bazlı bir bakteriyel nanotelde uzun menzilli elektron taşınmasının yapısal temelini ortaya koyuyor. İletişim Biyol. 2219 (2019).
Johs, A., Shi, L., Droubay, T., Ankner, JF & Liang, L. Dekahem c-tipi sitokrom OmcA'nın çözelti içinde ve hematit yüzeylerde küçük açılı x-ışını saçılımı ve nötron reflektometrisi ile karakterizasyonu. Biyofiz. J. 983035–3043 (2010).
Antunes, JMA, Silva, MA, Salgueiro, CA & Morgado, L. İç zardan hücre dışına doğru elektron akışı Geobakter kükürt azaltıcılar: Sitokrom CbcL'nin biyokimyasal karakterizasyonu. Ön. Mikrobiyol. 13898015 (2022).
Walker, DJ ve ark. Filogenetik olarak çeşitli mikroorganizmaların pilin genlerinden elektriksel olarak iletken piller. ISME J. 1248–58 (2018).
Wang, F., Craig, L., Liu, X., Rensing, C. & Egelman, EH Mikrobiyal nanoteller: tip IV pili mi yoksa sitokrom filamentleri mi? Trendler Mikrobiyol. 31384–392 (2023).
Wang, Y. ve ark. Tad pilus düzeneğinin yapısal mekanizmaları ve bunun bir RNA virüsü ile etkileşimi. Bilim. Av. 10eadl4450 (2024).
Gu, Y. ve ark. Yapısı Geobakter pili nanotel davranışından ziyade salgı davranışını ortaya koyuyor. Doğa 597430–434 (2021).
Sonani, RR ve ark. Tad ve toksinle düzenlenmiş pilus yapıları, bakteriyel tip IV pilusta beklenmedik çeşitliliği ortaya koymaktadır. Proc. Natl Acad. Bilim. Amerika 120e2316668120 (2023).
Sun, M. ve ark. Mikrobiyal bir yakıt hücresindeki sülfit oksidasyonundan elektrik üretiminde yer alan mikrobiyal topluluklar. Biyosens. Biyoelektron. 26470–476 (2010).
de Rink, R. ve diğerleri. Elektrik akımı üretmek için yeni bir strateji olarak sülfürü oksitleyen bakteriler tarafından sürekli elektron mekiği. J. Hazard. Anne. 424127358 (2022).
Ter Heijne, A., de Rink, R., Liu, D., Klok, JBM & Buisman, Sülfit oksidasyonu için bir elektron mekiği olarak CJN Bakterileri. Çevre. Bilim. Teknoloji. Lett. 5495–499 (2018).
Jung, H., Baek, G. ve Lee, C. H'nin manyetit destekli yerinde mikrobiyal oksidasyonu2S'den S'ye0 anaerobik sindirim sırasında: Sülfür kontrolü için yeni bir potansiyel. Kimya Müh. J. 397124982 (2020).
Jung, H., Yu, H. ve Lee, C. Türler arası doğrudan elektron transferi, sülfürün CO ile birlikte elementel kükürte anaerobik oksidasyonunu sağlar2-Metanogenezi azaltmak. iBilim 26107504 (2023).
Holmkvist, L., Ferdelman, TG & Jørgensen, BB Deniz tortusunun metan bölgesinde (Aarhus Körfezi, Danimarka) demir tarafından yönlendirilen şifreli bir kükürt döngüsü. Geochim. Kozmokim. dakika 753581–3599 (2011).
Mikucki, JA ve diğerleri. Mikrobiyal olarak korunan çağdaş bir buzul altı demirli 'okyanus'. Bilim 324397–400 (2009).
Och, LM ve ark. Baykal Gölü çökeltilerinde Fe/Mn birikimlerinin oluşumu ve gömülmesine ilişkin yeni bilgiler. Kimya Geol. 330-331244–259 (2012).
Boutet, E., Lieberherr, D., Tognolli, M., Schneider, M. & Bairoch, A. UniProtKB/Swiss-Prot. Yöntemler Mol. Biyol. 40689–112 (2007).
Fu, L., Niu, B., Zhu, Z., Wu, S. & Li, W. CD-HIT: Yeni nesil sıralama verilerinin kümelenmesi için hızlandırıldı. Biyoenformatik 283150–3152 (2012).
Camacho, C. ve ark. BLAST+: mimari ve uygulamalar. BMC Biyoinformatik 10421 (2009).
Edgar, RC MUSCLE: yüksek doğruluk ve yüksek verim ile çoklu dizi hizalaması. Nükleik Asitler Res. 321792–1797 (2004).
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. trimAl: Büyük ölçekli filogenetik analizlerde otomatik hizalama düzeltmeye yönelik bir araç. Biyoenformatik 251972–1973 (2009).
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2 — büyük hizalamalar için yaklaşık maksimum olasılıklı ağaçlar. PLoS BİR 5e9490 (2010).
Marcia, M., Ermler, U., Peng, G. ve Michel, H. Sülfürün yapıya dayalı yeni bir sınıflandırması: kinon oksidoredüktazlar. Proteinler 781073–1083 (2010).
Orellana, LH, Rodriguez-R, LM & Konstantinidis, KT ROCker: Kayan pencere bit puanlarını modelleyerek kısa okunan metagenomik veri setlerinde hedef genlerin doğru tespiti ve miktarının belirlenmesi. Nükleik Asitler Res. 45e14 (2017).
Eddy, SR, Wheeler, TJ ve HMMER geliştirme ekibi. HMMER Kullanım Kılavuzu Sürüm 3.1b2, 108 (Howard Hughes Tıp Enstitüsü, 2015); http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf.
Aramaki, T. ve ark. KofamKOALA: Profil HMM'sine ve uyarlanabilir puan eşiğine dayalı KEGG Ortolog ataması. Biyoenformatik 362251–2252 (2020).
Haft, DH ve ark. TIGRFAM'lar: proteinlerin fonksiyonel tanımlanması için bir protein ailesi kaynağı. Nükleik Asitler Res. 2941–43 (2001).
Finn, RD ve ark. Pfam: protein aileleri veritabanı. Nükleik Asitler Res. 42D222–D230 (2014).
McDaniel, EA, Anantharaman, K. & McMahon, KD metabolisHMM: Mikrobiyal filogenilerin ve metabolik yolların araştırılması için filogenomik analiz. Ön baskı saati bioRxiv https://doi.org/10.1101/2019.12.20.884627 (2019).
Neukirchen, S. & Sousa, FL DiSCo: mikrobiyal verilerde Dsr'ye bağlı disimilatuvar kükürt metabolizmasının dizi bazlı tipe özgü bir öngörücüsü. Mikrop. Genomik 7000603 (2021).
Teng, Z.-J. ve ark. Kutup okyanuslarında dimetil sülfit ve dimetilsülfoniopropiyonat döngüsünün biyocoğrafik özellikleri. Mikrobiyom 9207 (2021).
Tanabe, TS & Dahl, C. HMS-SS: Kükürt metabolizmasıyla ilişkili genlerin tanımlanması ve genom ve metagenom düzeneklerindeki operon yapılarının analizi için bir araç. Mol. Ekol. Kaynak. 222758–2774 (2022).
Yu, G., Smith, DK, Zhu, H., Guan, Y. ve Lam, TT-Y. ggtree: Filogenetik ağaçların ortak değişkenleri ve diğer ilgili verilerle birlikte görselleştirilmesi ve açıklanması için bir R paketi. Yöntemler Ecol. Evrim. 828–36 (2017).
Gupta, D., Chen, K., Elliott, SJ & Nayak, DD MmcA, hem hücre içi hem de hücre dışı elektron taşınmasını kolaylaştıran bir elektron kanalıdır. Metanosarcina acetivorans. Nat. Yaygın. 153300 (2024).
Leu, AO ve diğerleri. Yanal gen transferi, anaerobik metan oksitleyici arke ailesinde metabolik esnekliği artırır Metanoperedenaceae. mBio 11e01325 (2020).
Garber, AI, Nealson, KH & Merino, N. Dış zardaki çok hemli sitokromların büyük ölçekli tahmini, elektroaktif bakterilerin gizli çeşitliliğini ve altta yatan yolları ortaya çıkarır. Ön. Mikrobiyol. 151448685 (2024).
Moreno, J., Nielsen, H., Winther, O. ve Teufel, F. Prokaryotik proteinlerin hücre altı konumunu DeepLocPro ile tahmin etmek. Biyoenformatik 40btae677 (2024).
Huerta-Cepas, J. ve diğerleri. EggNOG 5.0: 5090 organizma ve 2502 virüse dayalı, hiyerarşik, işlevsel ve filogenetik olarak açıklamalı bir ortoloji kaynağı. Nükleik Asitler Res. 47D309–D314 (2019).
Yin, Y. ve ark. dbCAN: Otomatik karbonhidrat-aktif enzim açıklaması için bir web kaynağı. Nükleik Asitler Res. 40W445–W451 (2012).
Khot, V. ve ark. CANT-HYD: Hidrokarbon bozunmasında rol oynayan işaretleyici genlerin açıklaması için filogeniden türetilmiş Gizli Markov Modellerinin küratörlü bir veritabanı. Ön. Mikrobiyol. 12764058 (2021).
Boeuf, D., Audic, S., Brillet-Guéguen, L., Caron, C. & Jeanthon, C. MicRhoDE: Mikrobiyal rodopsin çeşitliliği ve evriminin analizi için seçilmiş bir veritabanı. Veritabanı 2015bav080 (2015).
Garber, AI ve ark. FeGenie: Genom ve metagenom düzeneklerindeki demir genlerinin ve demir gen mahallelerinin tanımlanmasına yönelik kapsamlı bir araç. Ön. Mikrobiyol. 1137 (2020).
Teufel, F. ve diğerleri. SignalP 6.0, protein dili modellerini kullanarak beş tip sinyal peptidinin tümünü tahmin eder. Nat. Biyoteknoloji. 401023–1025 (2022).
Woodcroft, BJ ve diğerleri. SingleM ve Sandpiper kullanılarak metagenomik verilerdeki mikrobiyal türlerin kapsamlı taksonomik tanımlanması. Nat. Biyoteknoloji. https://doi.org/10.1038/s41587-025-02738-1 (2025).
Amend, JP ve LaRowe, DE Mini inceleme: Mikrobiyal reaksiyon enerjilerinin gizemini açığa çıkarmak. Çevre. Mikrobiyol. 213539–3547 (2019).
Cornell, RM ve Schwertmann, U. Demir Oksitler: Yapısı, Özellikleri, Reaksiyonları, Oluşumu ve Kullanımları (Wiley-VCH, 2003).
Rickard, D. & Morse, JW Asit uçucu sülfür (AVS). Mar. Chem. 97141–197 (2005).
Majzlan, J., Navrotsky, A. & Schwertmann, U. Demir oksitlerin termodinamiği: bölüm III. Ferrihidritin oluşum entalpileri ve stabilitesi (∼Fe(OH)3), kılıçmanit (∼FeO(OH)3/4(SO4)1/8) ve ε-Fe2O3. Geochim. Kozmokim. dakika 681049–1059 (2004).
Ritz, C., Baty, F., Streibig, JC & Gerhard, D. R. kullanılarak doz-cevap analizi. PLoS BİR 10e0146021 (2015).
Poulton, SW, Krom, MD ve Raiswell, R. Demir (oksihidr)oksit minerallerinin çözünmüş sülfüre karşı reaktivitesi için gözden geçirilmiş bir şema. Geochim. Kozmokim. dakika 683703–3715 (2004).
Cline, JD Doğal sularda hidrojen sülfürün spektrofotometrik tespiti. Limnol. Okyanusogr. 14454–458 (1969).
Wan, M., Shchukarev, A., Lohmayer, R., Planer-Friedrich, B. & Peiffer, S. Ferrik (hidr) oksitler ve sulu sülfit arasındaki etkileşim sırasında yüzey polisülfürlerinin oluşumu. Çevre. Bilim. Teknoloji. 485076–5084 (2014).
Ehmann, T. ve ark. Anyonların kılcal elektroforetik tespiti için piromellitik asit elektrolitinin modifikasyonu ve validasyonu. J. Kromatogr. A 995217–226 (2003).
Thamdrup, B., Finster, K., Hansen, JW & Bak, F. Demir veya manganezin kimyasal indirgenmesine bağlı elementel kükürtün bakteriyel orantısızlığı. Başvuru Çevre. Mikrobiyol. 59101–108 (1993).
Hausmann, B. ve diğerleri. Düşük bolluktaki bakteri konsorsiyumu, turba toprağı mikrokozmosunda fermantasyon ürünlerinin sülfat indirgenmesine bağlı olarak bozulmasını sağlar. ISME J. 102365–2375 (2016).
Griffiths, RI, Whiteley, AS, O'Donnell, AG & Bailey, MJ Ribozomal DNA ve rRNA bazlı mikrobiyal topluluk kompozisyonunun analizi için doğal ortamlardan DNA ve RNA'nın birlikte ekstraksiyonuna yönelik hızlı yöntem. Başvuru Çevre. Mikrobiyol. 665488–5491 (2000).
Ewels, P., Magnusson, M., Lundin, S. & Käller, M. MultiQC: birden fazla alet ve numuneye ilişkin analiz sonuçlarını tek bir raporda özetleyin. Biyoenformatik 323047–3048 (2016).
Liao, Y., Smyth, GK & Shi, W. Alt Okuma hizalayıcı: tohumlama ve oylamayla hızlı, doğru ve ölçeklenebilir okuma haritalaması. Nükleik Asitler Res. 41e108 (2013).
Hyatt, D. ve ark. Prodigal: prokaryotik gen tanıma ve çeviri başlatma bölgesinin tanımlanması. BMC Biyoinformatik 11119 (2010).
Love, MI, Huber, W. & Anders, S. DESeq2 ile RNA-seq verileri için kat değişimi ve dağılımının moderasyonlu tahmini. Genom Biol. 15550 (2014).
Haynes, W. in Sistem Biyolojisi Ansiklopedisi (ed. Dubitzky, W. ve diğerleri) 78–78 (Springer, 2013).
Ye, J. ve ark. Primer-BLAST: polimeraz zincir reaksiyonu için hedefe özel primerler tasarlamaya yönelik bir araç. BMC Biyoinformatik 13134 (2012).
Deng, X., Dohmae, N., Nealson, KH, Hashimoto, K. & Okamoto, A. Çoklu heme sitokromları, enerjinin sınırlı olduğu ortamlarda hayatta kalmak için bir yol sağlar. Bilim. Av. 4eaao5682 (2018).
Yu, NY ve diğerleri. PSORTb 3.0: Tüm prokaryotlar için geliştirilmiş lokalizasyon alt kategorileri ve tahmin yetenekleri ile geliştirilmiş protein hücre altı lokalizasyon tahmini. Biyoenformatik 261608–1615 (2010).
Almagro Armenteros, JJ ve diğerleri. SignalP 5.0, derin sinir ağlarını kullanarak sinyal peptidi tahminlerini geliştirir. Nat. Biyoteknoloji. 37420–423 (2019).
Notredame, C., Higgins, DG & Heringa, J. T-Coffee: hızlı ve doğru çoklu dizi hizalaması için yeni bir yöntem. J. Mol. Biyol. 302205–217 (2000).
Holm, L. & Park, J. Protein yapısı karşılaştırması için DaliLite çalışma tezgahı. Biyoenformatik 16566–567 (2000).
Holm, L. DaliLite v.5 ile kıyaslama kat tespiti. Biyoenformatik 355326–5327 (2019).
Zhang, Y. & Skolnick, J. Protein yapısı şablon kalitesinin otomatik değerlendirmesi için puanlama işlevi. Proteinler 57702–710 (2004).
Morris, GM ve ark. AutoDock4 ve AutoDockTools4: seçici alıcı esnekliğine sahip otomatik yerleştirme. J. Bilgisayar. Kimya 302785–2791 (2009).
Eberhardt, J., Santos-Martins, D., Tillack, AF & Forli, S. AutoDock Vina 1.2.0: yeni yerleştirme yöntemleri, genişletilmiş kuvvet alanı ve Python bağlamaları. J. Chem. Enf. Modeli. 613891–3898 (2021).
Letunic, I. & Bork, P. Interactive Tree of Life (iTOL) v6: Filogenetik ağaç gösterimi ve açıklama aracında yapılan son güncellemeler. Nükleik Asitler Res. 52W78–W82 (2024).
Chaumeil, P.-A., Mussig, AJ, Hugenholtz, P. & Parks, DH GTDB-Tk: Genomları Genom Taksonomi Veritabanıyla sınıflandırmak için bir araç seti. Biyoenformatik 361925–1927 (2019).
Parklar, DH ve ark. Genom filogenisine dayanan standartlaştırılmış bir bakteri taksonomisi, hayat ağacını büyük ölçüde revize ediyor. Nat. Biyoteknoloji. 36996–1004 (2018).
Cai, L. ve diğerleri. Tad pilus aracılı seğirme hareketliliği, DNA alımı ve Liberibakterlerin hayatta kalması için gereklidir. PLoS BİR 16e0258583 (2021).
Melville, S. ve Craig, L. Gram-pozitif bakterilerde Tip IV pili. Mikrobiyol. Mol. Biyol. Rev. 77323–341 (2013).