Canfield, DE & Farquhar, J. in Jeobiyolojinin Temelleri 49–64 (John Wiley & Sons, 2012).
Fike, DA, Bradley, AS & Rose, CV Antik kükürt döngüsünü yeniden düşünmek. Annu. Rev. Dünya Gezegeni. Bilim. 43593–622 (2015).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Wasmund, K., Mußmann, M. & Loy, A. Sülfürik yaşam: deniz çökeltilerinde kükürt döngüsünün mikrobiyal ekolojisi. Çevre. Mikrobiyol. Temsilci 9323–344 (2017).
CAS
PubMed
Google Akademik
Falkowski, PG, Fenchel, T. & Delong, EF Dünyanın biyojeokimyasal döngülerini yönlendiren mikrobiyal motorlar. Bilim 3201034–1039 (2008).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
Google Akademik
Mateos, K. ve ark. Kükürt döngüsü enzimlerinin evrimi ve yayılması, erken Dünya’nın redoks durumunu yansıtır. Bilim. Av. 9eade4847 (2023).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Canfield, DE & Raiswell, R. Kükürt döngüsünün evrimi. Am. J. Sci. 299697–723 (1999).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Poulton, SW Çözünmüş sülfürün ferrihidrit ile reaksiyonu sırasında sülfür oksidasyonu ve demir çözünme kinetiği. Kimya Geol. 20279–94 (2003).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Canfield, DE Deniz çökeltilerinde reaktif demir. Geochim. Kozmokim. dakika 53619–632 (1989).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
Google Akademik
Anantharaman, K. ve ark. Ayrıştırıcı kükürt döngüsünü şekillendiren mikrobiyal grupların çeşitliliğinin artması. ISME J. 121715–1728 (2018).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Müller, AL, Kjeldsen, KU, Rattei, T., Pester, M. & Loy, A. DsrAB tipi disimilatuvar (bi)sülfit redüktazların filogenetik ve çevresel çeşitliliği. ISME J. 91152–1165 (2015).
PubMed
Google Akademik
Diao, M. ve ark. Disimilatör sülfat / sülfit indirgeme potansiyeli olan mikroorganizmaların küresel çeşitliliği ve çıkarımlı ekofizyolojisi. FEMS Mikrobiyol. Rev. 47fuad058 (2023).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Jørgensen, BB, Findlay, AJ & Pellerin, A. Deniz çökeltilerinin biyojeokimyasal kükürt döngüsü. Ön. Mikrobiyol. 10849 (2019).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Canfield, DE ve diğerleri. Şili kıyılarındaki oksijen minimum bölgesi sularında şifreli bir kükürt döngüsü. Bilim 3301375–1378 (2010).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
Google Akademik
Pester, M., Knorr, K.-H., Friedrich, MW, Wagner, M. & Loy, A. Sulak alanlardaki sülfat azaltan mikroorganizmalar – karbon döngüsünde ve iklim değişikliğinde ünlü aktörler. Ön. Mikrobiyol. 372 (2012).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Henkel, JV ve diğerleri. Karadeniz’den gelen bir bakteri izolatı, sülfiti manganez(IV) oksitle oksitler. Proc. Natl Acad. Bilim. Amerika 11612153–12155 (2019).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Hayes, JM & Waldbauer, JR Zaman içindeki karbon döngüsü ve ilgili redoks süreçleri. Philos. Trans. R. Soc. B 361931–950 (2006).
CAS
Google Akademik
Jørgensen, BB ve Nelson, DC Kükürt Biyojeokimyası – Geçmiş ve Bugün 63–81 (Amerika Jeoloji Topluluğu, 2004).
Hansel, CM ve ark. Düşük sülfatlı tatlı su çökeltilerinde kükürt yakıtlı demir oksit azalmasının baskınlığı. ISME J. 92400–2412 (2015).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Flynn, TM, O’Loughlin, EJ, Mishra, B., DiChristina, TJ & Kemner, KM Bakteriyel demir indirgemesi sırasında kükürt aracılı elektron mekiği. Bilim 3441039–1042 (2014).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
Google Akademik
Findlay, AJ, Pellerin, A., Laufer, K. & Jørgensen, BB Deniz tortusunda sülfit oksidasyon oranlarının ölçülmesi. Geochim. Kozmokim. dakika 280441–452 (2020).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Michaud, AB ve diğerleri. Arktik fiyort çökeltilerindeki (Svalbard) demir ve kükürt döngüleri üzerindeki buzul etkisi. Geochim. Kozmokim. dakika 280423–440 (2020).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Elsgaard, L. & Jørgensen, BB Deniz ve tatlı su çökeltilerinde radyo etiketli hidrojen sülfürün Anoxie dönüşümleri. Geochim. Kozmokim. dakika 562425–2435 (1992).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Parklar, DH ve ark. GTDB: Filogenetik olarak tutarlı, sıralaması normalleştirilmiş ve tam genom bazlı taksonomi yoluyla bakteri ve arkal çeşitliliğinin devam eden bir sayımı. Nükleik Asitler Res. 50D785–D794 (2022).
CAS
PubMed
Google Akademik
Raiswell, R. & Canfield, DE Geçmişten günümüze demir biyojeokimyasal döngüsü. Jeokimya. Perspektif. 11–220 (2012).
Google Akademik
Osorio, H. ve diğerleri. Anaerobik kükürt metabolizması, ekstremofil Asidithiobacillus ferrooxidans’ta disimilatuvar demir azaltımına eşlik etti. Başvuru Çevre. Mikrobiyol. 792172–2181 (2013).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Malik, L. & Hedrich, S. Aşırı asidofillerde ferrik demirin azaltılması. Ön. Mikrobiyol. 12818414 (2021).
PubMed
Google Akademik
Thorup, C., Schramm, A., Findlay, AJ, Finster, KW & Schreiber, L. Sülfat indirgeyici kılığına girmiş: Deltaproteobacterium’un büyümesi Desülfürivibrio alkalifilus Nitrat ile sülfürün oksidasyonu yoluyla. mBio 8e00671-17 (2017).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Wang, F. ve diğerleri. Mikrobiyal nanotellerin yapısı, elektronları mikrometreler boyunca taşıyan yığılmış hemleri ortaya çıkarır. Hücre 177361–369.e10 (2019).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Shi, L., Fredrickson, JK & Zachara, JM Bakteriyel porin-sitokrom gen kümelerinin genomik analizleri. Ön. Mikrobiyol. 5657 (2014).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Portela, PC ve ark. Periplazmik sitokromlar PpcABCDE yoluyla mikrobiyal sitokrom OmcS nanotellerini şarj etmek için yaygın hücre dışı elektron transfer yolları Nat. Yaygın. 152434 (2024).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Nübel, T., Klughammer, C., Huber, R., Hauska, G. & Schütz, M. Sülfür: hipertermofilik bakterinin zarlarında kinon oksidoredüktaz Akifex aeolicus (VF5). Arch. Mikrobiyol. 173233–244 (2000).
PubMed
Google Akademik
Schütz, M., Maldener, I., Griesbeck, C. & Hauska, G. Sülfür-kinon redüktaz’dan Rhodobacter kapsülatusu: büyüme gereksinimi, periplazmik lokalizasyon ve gen dizisi analizinin genişletilmesi. J. Bakteriol. 1816516–6523 (1999).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Finneran, KT, Johnsen, CV & Lovley, DR Rhodoferax ferrireducens sp. Kasım, Fe’nin indirgenmesiyle asetatı oksitleyen psikrotolerant, fakültatif anaerobik bir bakteri (iii). Uluslararası J. Syst. Evrim. Mikrobiyol. 53669–673 (2003).
CAS
PubMed
Google Akademik
Baker, IR, Conley, BE, Gralnick, JA & Girguis, PR Bakteriler arasında Mtr aracılı hücre dışı elektron transferinin yatay ve dikey aktarımına ilişkin kanıt. mBio 13e02904–e02921 (2021).
PubMed
Google Akademik
Nixon, SL, Bonsall, E. & Cockell, CS Aşırı koşullar altında mikrobiyal demir azaltımının sınırlamaları. FEMS Mikrobiyol. Rev. 46fuac033 (2022).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Jakobsen, R. & Postma, D. Redoks bölgeleme, sığ kumlu bir akiferde sülfat indirgeme oranları ve Fe indirgeme ve metanojenez ile etkileşimler, Rømø, Danimarka. Geochim. Kozmokim. dakika 63137–151 (1999).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Sorokin, DY, Tourova, TP, Mussmann, M. & Muyzer, G. Dethiobacter alkaliphilus gen. kasım. sp. kasım ve Desülfürivibrio alkalifilus gen. kasım. sp. Kasım: Soda göllerinden indirgeyici kükürt döngüsünün iki yeni temsilcisi. Ekstremofiller 12431–439 (2008).
CAS
PubMed
Google Akademik
Schippers, A. & Jørgensen, BB Deniz çökeltilerinde pirit ve demir sülfürün manganez dioksit ile oksidasyonu. Geochim. Kozmokim. dakika 65915–922 (2001).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Finster, K. İnorganik kükürt bileşiklerinin mikrobiyolojik orantısızlığı. J. Sülfür Kimyası. 29281–292 (2008).
CAS
Google Akademik
Sun, J., Wei, L., Yin, R., Jiang, F. & Shang, C. Mikrobiyal demir indirgemesi, kirli kentsel suların çökeltilerindeki biyojenik hidrojen sülfürün FeOOH granülleri tarafından yerinde kontrolünü artırır. Su Res. 171115453 (2020).
CAS
PubMed
Google Akademik
Kjeldsen, KU ve ark. Kablo bakterilerinin evrimi ve fizyolojisi üzerine. Proc. Natl Acad. Bilim. Amerika 11619116–19125 (2019).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Santos, TC, Silva, MA, Morgado, L., Dantas, JM & Salgueiro, CA Redoks özelliklerine dalma Geobakter kükürt azaltıcılar sitokromlar: hücre dışı elektron transferi için bir model. Dalton Trans. 449335–9344 (2015).
CAS
PubMed
Google Akademik
Kappler, A. ve ark. Demirin biyojeokimyasal döngüsüne ilişkin gelişen bir görüş. Nat. Rev. Mikrobiyol. 19360–374 (2021).
CAS
PubMed
Google Akademik
Lovley, DR & Holmes, DE Elektromikrobiyoloji: filogenetik olarak çeşitli elektroaktif mikroorganizmaların ekofizyolojisi. Nat. Rev. Mikrobiyol. 205–19 (2022).
CAS
PubMed
Google Akademik
Filman, DJ ve ark. Cryo-EM, sitokrom bazlı bir bakteriyel nanotelde uzun menzilli elektron taşınmasının yapısal temelini ortaya koyuyor. İletişim Biyol. 2219 (2019).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Johs, A., Shi, L., Droubay, T., Ankner, JF & Liang, L. Dekahem c-tipi sitokrom OmcA’nın çözelti içinde ve hematit yüzeylerde küçük açılı x-ışını saçılımı ve nötron reflektometrisi ile karakterizasyonu. Biyofiz. J. 983035–3043 (2010).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Antunes, JMA, Silva, MA, Salgueiro, CA & Morgado, L. İç zardan hücre dışına doğru elektron akışı Geobakter kükürt azaltıcılar: Sitokrom CbcL’nin biyokimyasal karakterizasyonu. Ön. Mikrobiyol. 13898015 (2022).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Walker, DJ ve ark. Filogenetik olarak çeşitli mikroorganizmaların pilin genlerinden elektriksel olarak iletken piller. ISME J. 1248–58 (2018).
CAS
PubMed
Google Akademik
Wang, F., Craig, L., Liu, X., Rensing, C. & Egelman, EH Mikrobiyal nanoteller: tip IV pili mi yoksa sitokrom filamentleri mi? Trendler Mikrobiyol. 31384–392 (2023).
CAS
PubMed
Google Akademik
Wang, Y. ve ark. Tad pilus düzeneğinin yapısal mekanizmaları ve bunun bir RNA virüsü ile etkileşimi. Bilim. Av. 10eadl4450 (2024).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Gu, Y. ve ark. Yapısı Geobakter pili nanotel davranışından ziyade salgı davranışını ortaya koyuyor. Doğa 597430–434 (2021).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Sonani, RR ve ark. Tad ve toksinle düzenlenmiş pilus yapıları, bakteriyel tip IV pilusta beklenmedik çeşitliliği ortaya koymaktadır. Proc. Natl Acad. Bilim. Amerika 120e2316668120 (2023).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Sun, M. ve ark. Mikrobiyal bir yakıt hücresindeki sülfit oksidasyonundan elektrik üretiminde yer alan mikrobiyal topluluklar. Biyosens. Biyoelektron. 26470–476 (2010).
CAS
PubMed
Google Akademik
de Rink, R. ve diğerleri. Elektrik akımı üretmek için yeni bir strateji olarak sülfürü oksitleyen bakteriler tarafından sürekli elektron mekiği. J. Hazard. Anne. 424127358 (2022).
PubMed
Google Akademik
Ter Heijne, A., de Rink, R., Liu, D., Klok, JBM & Buisman, Sülfit oksidasyonu için bir elektron mekiği olarak CJN Bakterileri. Çevre. Bilim. Teknoloji. Lett. 5495–499 (2018).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Jung, H., Baek, G. ve Lee, C. H’nin manyetit destekli yerinde mikrobiyal oksidasyonu2S’den S’ye0 anaerobik sindirim sırasında: Sülfür kontrolü için yeni bir potansiyel. Kimya Müh. J. 397124982 (2020).
CAS
Google Akademik
Jung, H., Yu, H. ve Lee, C. Türler arası doğrudan elektron transferi, sülfürün CO ile birlikte elementel kükürte anaerobik oksidasyonunu sağlar2-Metanogenezi azaltmak. iBilim 26107504 (2023).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Holmkvist, L., Ferdelman, TG & Jørgensen, BB Deniz tortusunun metan bölgesinde (Aarhus Körfezi, Danimarka) demir tarafından yönlendirilen şifreli bir kükürt döngüsü. Geochim. Kozmokim. dakika 753581–3599 (2011).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Mikucki, JA ve diğerleri. Mikrobiyal olarak korunan çağdaş bir buzul altı demirli ‘okyanus’. Bilim 324397–400 (2009).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
Google Akademik
Och, LM ve ark. Baykal Gölü çökeltilerinde Fe/Mn birikimlerinin oluşumu ve gömülmesine ilişkin yeni bilgiler. Kimya Geol. 330-331244–259 (2012).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Boutet, E., Lieberherr, D., Tognolli, M., Schneider, M. & Bairoch, A. UniProtKB/Swiss-Prot. Yöntemler Mol. Biyol. 40689–112 (2007).
CAS
PubMed
Google Akademik
Fu, L., Niu, B., Zhu, Z., Wu, S. & Li, W. CD-HIT: Yeni nesil sıralama verilerinin kümelenmesi için hızlandırıldı. Biyoenformatik 283150–3152 (2012).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Camacho, C. ve ark. BLAST+: mimari ve uygulamalar. BMC Biyoinformatik 10421 (2009).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Edgar, RC MUSCLE: yüksek doğruluk ve yüksek verim ile çoklu dizi hizalaması. Nükleik Asitler Res. 321792–1797 (2004).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. trimAl: Büyük ölçekli filogenetik analizlerde otomatik hizalama düzeltmeye yönelik bir araç. Biyoenformatik 251972–1973 (2009).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Price, MN, Dehal, PS & Arkin, AP FastTree 2 — büyük hizalamalar için yaklaşık maksimum olasılıklı ağaçlar. PLoS BİR 5e9490 (2010).
REKLAMLAR
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Marcia, M., Ermler, U., Peng, G. ve Michel, H. Sülfürün yapıya dayalı yeni bir sınıflandırması: kinon oksidoredüktazlar. Proteinler 781073–1083 (2010).
CAS
PubMed
Google Akademik
Orellana, LH, Rodriguez-R, LM & Konstantinidis, KT ROCker: Kayan pencere bit puanlarını modelleyerek kısa okunan metagenomik veri setlerinde hedef genlerin doğru tespiti ve miktarının belirlenmesi. Nükleik Asitler Res. 45e14 (2017).
PubMed
Google Akademik
Eddy, SR, Wheeler, TJ ve HMMER geliştirme ekibi. HMMER Kullanım Kılavuzu Sürüm 3.1b2, 108 (Howard Hughes Tıp Enstitüsü, 2015); http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf.
Aramaki, T. ve ark. KofamKOALA: Profil HMM’sine ve uyarlanabilir puan eşiğine dayalı KEGG Ortolog ataması. Biyoenformatik 362251–2252 (2020).
CAS
PubMed
Google Akademik
Haft, DH ve ark. TIGRFAM’lar: proteinlerin fonksiyonel tanımlanması için bir protein ailesi kaynağı. Nükleik Asitler Res. 2941–43 (2001).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Finn, RD ve ark. Pfam: protein aileleri veritabanı. Nükleik Asitler Res. 42D222–D230 (2014).
CAS
PubMed
Google Akademik
McDaniel, EA, Anantharaman, K. & McMahon, KD metabolisHMM: Mikrobiyal filogenilerin ve metabolik yolların araştırılması için filogenomik analiz. Ön baskı saati bioRxiv https://doi.org/10.1101/2019.12.20.884627 (2019).
Neukirchen, S. & Sousa, FL DiSCo: mikrobiyal verilerde Dsr’ye bağlı disimilatuvar kükürt metabolizmasının dizi bazlı tipe özgü bir öngörücüsü. Mikrop. Genomik 7000603 (2021).
CAS
Google Akademik
Teng, Z.-J. ve ark. Kutup okyanuslarında dimetil sülfit ve dimetilsülfoniopropiyonat döngüsünün biyocoğrafik özellikleri. Mikrobiyom 9207 (2021).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Tanabe, TS & Dahl, C. HMS-SS: Kükürt metabolizmasıyla ilişkili genlerin tanımlanması ve genom ve metagenom düzeneklerindeki operon yapılarının analizi için bir araç. Mol. Ekol. Kaynak. 222758–2774 (2022).
CAS
PubMed
Google Akademik
Yu, G., Smith, DK, Zhu, H., Guan, Y. ve Lam, TT-Y. ggtree: Filogenetik ağaçların ortak değişkenleri ve diğer ilgili verilerle birlikte görselleştirilmesi ve açıklanması için bir R paketi. Yöntemler Ecol. Evrim. 828–36 (2017).
Google Akademik
Gupta, D., Chen, K., Elliott, SJ & Nayak, DD MmcA, hem hücre içi hem de hücre dışı elektron taşınmasını kolaylaştıran bir elektron kanalıdır. Metanosarcina acetivorans. Nat. Yaygın. 153300 (2024).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Leu, AO ve diğerleri. Yanal gen transferi, anaerobik metan oksitleyici arke ailesinde metabolik esnekliği artırır Metanoperedenaceae. mBio 11e01325 (2020).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Garber, AI, Nealson, KH & Merino, N. Dış zardaki çok hemli sitokromların büyük ölçekli tahmini, elektroaktif bakterilerin gizli çeşitliliğini ve altta yatan yolları ortaya çıkarır. Ön. Mikrobiyol. 151448685 (2024).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Moreno, J., Nielsen, H., Winther, O. ve Teufel, F. Prokaryotik proteinlerin hücre altı konumunu DeepLocPro ile tahmin etmek. Biyoenformatik 40btae677 (2024).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Huerta-Cepas, J. ve diğerleri. EggNOG 5.0: 5090 organizma ve 2502 virüse dayalı, hiyerarşik, işlevsel ve filogenetik olarak açıklamalı bir ortoloji kaynağı. Nükleik Asitler Res. 47D309–D314 (2019).
CAS
PubMed
Google Akademik
Yin, Y. ve ark. dbCAN: Otomatik karbonhidrat-aktif enzim açıklaması için bir web kaynağı. Nükleik Asitler Res. 40W445–W451 (2012).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Khot, V. ve ark. CANT-HYD: Hidrokarbon bozunmasında rol oynayan işaretleyici genlerin açıklaması için filogeniden türetilmiş Gizli Markov Modellerinin küratörlü bir veritabanı. Ön. Mikrobiyol. 12764058 (2021).
PubMed
Google Akademik
Boeuf, D., Audic, S., Brillet-Guéguen, L., Caron, C. & Jeanthon, C. MicRhoDE: Mikrobiyal rodopsin çeşitliliği ve evriminin analizi için seçilmiş bir veritabanı. Veritabanı 2015bav080 (2015).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Garber, AI ve ark. FeGenie: Genom ve metagenom düzeneklerindeki demir genlerinin ve demir gen mahallelerinin tanımlanmasına yönelik kapsamlı bir araç. Ön. Mikrobiyol. 1137 (2020).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Teufel, F. ve diğerleri. SignalP 6.0, protein dili modellerini kullanarak beş tip sinyal peptidinin tümünü tahmin eder. Nat. Biyoteknoloji. 401023–1025 (2022).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Woodcroft, BJ ve diğerleri. SingleM ve Sandpiper kullanılarak metagenomik verilerdeki mikrobiyal türlerin kapsamlı taksonomik tanımlanması. Nat. Biyoteknoloji. https://doi.org/10.1038/s41587-025-02738-1 (2025).
Amend, JP ve LaRowe, DE Mini inceleme: Mikrobiyal reaksiyon enerjilerinin gizemini açığa çıkarmak. Çevre. Mikrobiyol. 213539–3547 (2019).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Cornell, RM ve Schwertmann, U. Demir Oksitler: Yapısı, Özellikleri, Reaksiyonları, Oluşumu ve Kullanımları (Wiley-VCH, 2003).
Rickard, D. & Morse, JW Asit uçucu sülfür (AVS). Mar. Chem. 97141–197 (2005).
CAS
Google Akademik
Majzlan, J., Navrotsky, A. & Schwertmann, U. Demir oksitlerin termodinamiği: bölüm III. Ferrihidritin oluşum entalpileri ve stabilitesi (∼Fe(OH)3), kılıçmanit (∼FeO(OH)3/4(SO4)1/8) ve ε-Fe2O3. Geochim. Kozmokim. dakika 681049–1059 (2004).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Ritz, C., Baty, F., Streibig, JC & Gerhard, D. R. kullanılarak doz-cevap analizi. PLoS BİR 10e0146021 (2015).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Poulton, SW, Krom, MD ve Raiswell, R. Demir (oksihidr)oksit minerallerinin çözünmüş sülfüre karşı reaktivitesi için gözden geçirilmiş bir şema. Geochim. Kozmokim. dakika 683703–3715 (2004).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Cline, JD Doğal sularda hidrojen sülfürün spektrofotometrik tespiti. Limnol. Okyanusogr. 14454–458 (1969).
REKLAMLAR
CAS
Google Akademik
Wan, M., Shchukarev, A., Lohmayer, R., Planer-Friedrich, B. & Peiffer, S. Ferrik (hidr) oksitler ve sulu sülfit arasındaki etkileşim sırasında yüzey polisülfürlerinin oluşumu. Çevre. Bilim. Teknoloji. 485076–5084 (2014).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
Google Akademik
Ehmann, T. ve ark. Anyonların kılcal elektroforetik tespiti için piromellitik asit elektrolitinin modifikasyonu ve validasyonu. J. Kromatogr. A 995217–226 (2003).
CAS
PubMed
Google Akademik
Thamdrup, B., Finster, K., Hansen, JW & Bak, F. Demir veya manganezin kimyasal indirgenmesine bağlı elementel kükürtün bakteriyel orantısızlığı. Başvuru Çevre. Mikrobiyol. 59101–108 (1993).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Hausmann, B. ve diğerleri. Düşük bolluktaki bakteri konsorsiyumu, turba toprağı mikrokozmosunda fermantasyon ürünlerinin sülfat indirgenmesine bağlı olarak bozulmasını sağlar. ISME J. 102365–2375 (2016).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Griffiths, RI, Whiteley, AS, O’Donnell, AG & Bailey, MJ Ribozomal DNA ve rRNA bazlı mikrobiyal topluluk kompozisyonunun analizi için doğal ortamlardan DNA ve RNA’nın birlikte ekstraksiyonuna yönelik hızlı yöntem. Başvuru Çevre. Mikrobiyol. 665488–5491 (2000).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Ewels, P., Magnusson, M., Lundin, S. & Käller, M. MultiQC: birden fazla alet ve numuneye ilişkin analiz sonuçlarını tek bir raporda özetleyin. Biyoenformatik 323047–3048 (2016).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Liao, Y., Smyth, GK & Shi, W. Alt Okuma hizalayıcı: tohumlama ve oylamayla hızlı, doğru ve ölçeklenebilir okuma haritalaması. Nükleik Asitler Res. 41e108 (2013).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Hyatt, D. ve ark. Prodigal: prokaryotik gen tanıma ve çeviri başlatma bölgesinin tanımlanması. BMC Biyoinformatik 11119 (2010).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Love, MI, Huber, W. & Anders, S. DESeq2 ile RNA-seq verileri için kat değişimi ve dağılımının moderasyonlu tahmini. Genom Biol. 15550 (2014).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Haynes, W. in Sistem Biyolojisi Ansiklopedisi (ed. Dubitzky, W. ve diğerleri) 78–78 (Springer, 2013).
Ye, J. ve ark. Primer-BLAST: polimeraz zincir reaksiyonu için hedefe özel primerler tasarlamaya yönelik bir araç. BMC Biyoinformatik 13134 (2012).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Deng, X., Dohmae, N., Nealson, KH, Hashimoto, K. & Okamoto, A. Çoklu heme sitokromları, enerjinin sınırlı olduğu ortamlarda hayatta kalmak için bir yol sağlar. Bilim. Av. 4eaao5682 (2018).
REKLAMLAR
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Yu, NY ve diğerleri. PSORTb 3.0: Tüm prokaryotlar için geliştirilmiş lokalizasyon alt kategorileri ve tahmin yetenekleri ile geliştirilmiş protein hücre altı lokalizasyon tahmini. Biyoenformatik 261608–1615 (2010).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Almagro Armenteros, JJ ve diğerleri. SignalP 5.0, derin sinir ağlarını kullanarak sinyal peptidi tahminlerini geliştirir. Nat. Biyoteknoloji. 37420–423 (2019).
CAS
PubMed
Google Akademik
Notredame, C., Higgins, DG & Heringa, J. T-Coffee: hızlı ve doğru çoklu dizi hizalaması için yeni bir yöntem. J. Mol. Biyol. 302205–217 (2000).
CAS
PubMed
Google Akademik
Holm, L. & Park, J. Protein yapısı karşılaştırması için DaliLite çalışma tezgahı. Biyoenformatik 16566–567 (2000).
CAS
PubMed
Google Akademik
Holm, L. DaliLite v.5 ile kıyaslama kat tespiti. Biyoenformatik 355326–5327 (2019).
CAS
PubMed
Google Akademik
Zhang, Y. & Skolnick, J. Protein yapısı şablon kalitesinin otomatik değerlendirmesi için puanlama işlevi. Proteinler 57702–710 (2004).
CAS
PubMed
Google Akademik
Morris, GM ve ark. AutoDock4 ve AutoDockTools4: seçici alıcı esnekliğine sahip otomatik yerleştirme. J. Bilgisayar. Kimya 302785–2791 (2009).
REKLAMLAR
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Eberhardt, J., Santos-Martins, D., Tillack, AF & Forli, S. AutoDock Vina 1.2.0: yeni yerleştirme yöntemleri, genişletilmiş kuvvet alanı ve Python bağlamaları. J. Chem. Enf. Modeli. 613891–3898 (2021).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Letunic, I. & Bork, P. Interactive Tree of Life (iTOL) v6: Filogenetik ağaç gösterimi ve açıklama aracında yapılan son güncellemeler. Nükleik Asitler Res. 52W78–W82 (2024).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Chaumeil, P.-A., Mussig, AJ, Hugenholtz, P. & Parks, DH GTDB-Tk: Genomları Genom Taksonomi Veritabanıyla sınıflandırmak için bir araç seti. Biyoenformatik 361925–1927 (2019).
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Parklar, DH ve ark. Genom filogenisine dayanan standartlaştırılmış bir bakteri taksonomisi, hayat ağacını büyük ölçüde revize ediyor. Nat. Biyoteknoloji. 36996–1004 (2018).
CAS
PubMed
Google Akademik
Cai, L. ve diğerleri. Tad pilus aracılı seğirme hareketliliği, DNA alımı ve Liberibakterlerin hayatta kalması için gereklidir. PLoS BİR 16e0258583 (2021).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
Melville, S. ve Craig, L. Gram-pozitif bakterilerde Tip IV pili. Mikrobiyol. Mol. Biyol. Rev. 77323–341 (2013).
CAS
PubMed
PubMed Merkezi
Google Akademik
News
