Düzeltme: Doğa https://doi.org/10.1038/nature14067 17 Aralık 2014’te çevrimiçi yayınlandı
PubPeer’deki bir yorum aracılığıyla makalemizdeki Genişletilmiş Veri Şekil 1c, Genişletilmiş Veri Şekil 1i ve Genişletilmiş Veri Şekil 7k’deki görüntülerin çoğaltılmış alt paneller içerdiği dikkatimize sunulmuştur. Kaynak verilerinin (ham, kırpılmamış immünoblotlar ve mikroskopi görüntüleri) kapsamlı dahili incelemesinden sonra, hatalardan şekil hazırlama hatalarının (yer tutucu görüntüleri doğru panellerle güncellemeden kopyalayıp yapıştırma) sorumlu olduğunu doğrulayabiliriz. Hatalar yalnızca sunum aşamasındadır ve bilimsel sonuçlarımızı etkilemez. Her bir çoğaltmaya ilişkin özel açıklamalar aşağıdaki bölümlerde açıklanmaktadır.
mAchR4 TIL R230E ve mAchR4 TIL P331E mutantları için immünoblotlar aynıydı (bakınız Ek Bilgi: Düzeltme Şekil 1). 1).
Çoğaltma, büyük olasılıkla, sonraki bir alt panel için şablon/yer tutucu olarak kullanılacak bir alt panelin kopyalanıp yapıştırılmasıyla gerçekleştirilmiştir. Ne yazık ki, mutantlardan birinin ilgili görseliyle takas işlemi unutuldu ve kopyalama hatası oluştu. Orijinal, kırpılmamış immünoblot taramalarının incelenmesi, mAchR4 TIL R230E mutantı için olanın kopya olduğunu ve mAchR4 TIL P331E mutantı için olanın orijinal olduğunu ortaya çıkardı (bkz. Ek Bilgiler: Düzeltme Şekil 1). 1). Yinelenen görüntü, mAchR4 TIL R230E mutantı için doğru temsili bir immünoblot ile değiştirildi (Ek Bilgi: Düzeltme Şekil 1). 1 Ve 2).
Hem mAchR4 TIL R230E hem de mAchR4 TIL P331E mutantları Endo A2 SH3 alanı tarafından aşağı çekildiği için bu düzeltme bilimsel sonuçlarımızı etkilemez.
Kontrol ve Endo TKD için XY konfokal mikroskopi görüntüleri aynıydı (Ek Bilgi: Düzeltme Şekil 1). 3).
Yukarıda olduğu gibi, çoğaltma büyük olasılıkla bir sonraki panel için şablon/yer tutucu olarak kullanılacak bir alt panelin benzer şekilde kopyalanıp yapıştırılmasıyla gerçekleştirilmiştir. Ne yazık ki koşullardan biri için ilgili görselin değiştirilmesi unutuldu ve çoğaltma hatası oluştu. Orijinal, kırpılmamış, eş odaklı mikroskopi görüntülerinin incelenmesi, kontrol görüntüsünün gerçek olduğunu ve Endo TKD’nin görüntüsünün kopya olduğunu ortaya çıkardı. Yinelenen görüntü, Endo TKD için doğru temsili bir konfokal mikroskopi görüntüsü ile değiştirildi (Ek Bilgi: Düzeltme Şekil 1). 3).
AP2, Endo TKD hücrelerinin plazma zarına alındığı için bu düzeltme bilimsel sonuçlarımızı etkilemez.
Endo1+2+3 TKD, 2 gün, –NGF ve +NGF için parlak alan mikroskobu görüntüleri aynıydı ve Endo1+2+3 TKD, 4 gün, –NGF ve +NGF için olanlar da birbiriyle aynıydı (Ek Bilgi: Düzeltme Şekil 1). 4).
Yukarıda olduğu gibi, çoğaltma büyük olasılıkla sonraki paneller için şablon/yer tutucu olarak kullanılacak bir alt panelin benzer şekilde kopyalanıp yapıştırılmasıyla gerçekleştirilmiştir. Ne yazık ki, bazı koşullar için (burada –NGF ve +NGF satırları) ilgili görsellerin değiştirilmesi unutuldu ve geriye kopyalama hataları kaldı. Orijinal, kırpılmamış, parlak alan mikrograflarının incelenmesi, Endo1 + 2 + 3 TKD + NGF’ye (2 ve 4 gün) ait görüntülerin, –NGF koşulunda bulunmayan bazı nörit uzantılarını gösterdikleri için orijinal olduğunu ortaya çıkardı (Ek Bilgiler: Düzeltme Şekil 1). 5 Ve 6). Dolayısıyla Endo1+2+3 TKD, –NGF’nin 2 ve 4 gün sonraki görüntüleri kopyalardı. Yinelenen görüntüler, Endo TKD, –NGF, 2 ve 4 gün için doğru temsili parlak alan mikroskobu görüntüleri ile değiştirildi (Ek Bilgi: Düzeltme Şekil 1). 4).
İki veya dört gün sonra NGF’nin (-NGF) yokluğunda Endo1+2+3 TKD, PC12 hücreleri tarafından nörit uzantısını etkilemediğinden (+NGF gerektiren bir süreç) bu düzeltme bilimsel sonuçlarımızı etkilemez.
İlgili tüm şekil panellerinin kaynak verileri orijinal, kırpılmamış görüntüleri içerir ve şu şekilde mevcuttur: Ek BilgilerBu değişikliğin çevrimiçi versiyonunda.
5. Şekil 1e ve Genişletilmiş Veri Şekil 2b’deki aynı görüntü; çoğaltma hatası değil
PubPeer yorumunda belirtilmemesine rağmen, aynı zamanda, bir BSC1 hücresinin dinlenme halindeki (yani, denopamin eklenmemiş) aynı mikroskopi görüntüsünün, hem Şekil 1e’de hem de Genişletilmiş Veri Şekil 2b’de (ikincisinde tüm lamellipodia’yı göstermek için daha düşük büyütmede de olsa) şekil açıklamalarında özel bir belirtilmeden mevcut olduğunu belirttik. Bu bir çoğaltma hatası değildi, ancak ana şekilde bir büyütme gösteriyorduk (Şekil 1e), Genişletilmiş Veri Şekil 2b’de ise bağlamı göstermek için daha eksiksiz bir görüntü sağlıyoruz. Böylece her iki yerde de aynı kontrol BSC1 görüntüsünü kullanıyoruz.
Ek bilgiler bu değişikliğin çevrimiçi versiyonunda mevcuttur.
News
